要清理苹果手机Safari浏览器中单个域名的历史痕迹，可以按照以下步骤操作：
1. 打开Safari浏览器。
2. 在地址栏输入你想要清理历史记录的域名，然后按回车键进入该网站。
3. 在网站中浏览一段时间，直到你不再需要这个历史记录为止。
4. 关闭当前页面。
5. 返回Safari浏览器的主页。
6. 点击屏幕右上角的“历史”按钮（一个向上的箭头图标）。
7. 在弹出的菜单中，找到你想要清理的历史记录，然后点击它。
8. 在出现的对话框中，选择“删除”选项。
9. 确认删除操作，然后点击“删除”。
10. Safari会自动清除所选历史记录。
这样，你就可以精准地清理单个域名的历史痕迹了。